En la campaña militar que siguió al Desembarco, Rivera tuvo actuación descollante en la Batalla del Rincón, en que no solamente derrotó a una importante fuerza brasileña, sino que obtuvo una importante cantidad de armas y una gran caballada.

Casi de inmediato, reuniéndose con las fuerzas de Lavalleja estacionadas en el Durazno, enfrentaron juntos a las fuerzas brasileñas reagrupadas, en la Batalla de Sarandí, que tuvo enorme repercusión y fue determinante de la salida de los brasileños del territorio oriental.

Poco después, apoyado Lavalleja por una fuerza enviada desde Buenos Aires, fue librada la batalla de Ituzaingó dentro del propio territorio del Imperio.

Para ese entonces, las rivalidades entre Lavalleja y Rivera habían llevado a que éste último decidiera abandonar el territorio oriental para dirigirse a la zona de Entre Ríos, donde contaba con el apoyo del gobernador Estanislao López.

Decidido a seguir combatiendo la hegemonía brasileña en los territorios aledaños al Plata, planificó Rivera apoderarse de las Misiones. Se trata del extenso territorio situado al sur del actual Estado brasileño de Río Grande del Sur, donde antaño los jesuítas habían desarrollado una importante colonización de los indígenas; y que era por lo mismo un territorio bastante productivo. Al este del Río Uruguay en su curso superior al norte del Río Cuareim, se situaban las Misiones Orientales, zona que se consideraba separada del territorio brasileño por la frontera trazada por la línea del Tratado de San Ildefonso de 1777; una línea sinuosa que subía desde las nacientes del río Yaguarón hacia las nacientes del río Uruguay, ocupando una superficie aproximada del tercio occidental del actual Estado de Río Grande del Sur.

Como no lograra reclutar suficientes hombres para esa campaña en la provincia de Entre Ríos, Rivera decidió volver al territorio de la Banda Oriental; donde gozaba de enorme prestigio y le sería más fácil reclutar un ejército. Así que con unos 50 hombres penetró en el territorio; enterado de lo cual Lavalleja encomendó a Oribe la misión de detenerlo.

Sin embargo, Rivera, a cuyo contingente se unían contínuamente antiguos soldados que habían servido bajo su mando, y otros paisanos, hasta formar un contingente de alrededor de 500, logró cruzar el Río Ibicuy en la noche del 21 de abril de 1828.

Cerca del lugar en que efectuaron el cruce, había un grupo de soldados brasileros comandados por Joaquín de Alencastre; pero advirtiendo su inferioridad, prácticamente no opusieron resistencia abandonaron el territorio de las Misiones Orientales al dominio de Rivera.

La principal consecuencia de esta extraordinaria acción, carácterística del desempeño militar de Rivera, fue que el Emperador del Brasil, Pedro I, decidiera abocarse a efectuar un tratado de paz; lo cual determinó el surgimiento de la República Oriental del Uruguay.

Rivera había conseguido el objetivo estratégico que se había propuesto, siguiendo una vieja idea de Artigas, de forzar al Brasil a abandonar sus pretensiones sobre la Banda Oriental mediante un ataque en su propio territorio.