Cuando el Gral. San Martín organizó en 1816 el “Ejército de los Andes”, Lavalle se incorporó a él, habiendo participado en la campaña de Chile, y en las batallas de Chacabuco del 12 de febrero de 1817 y de Maipú, el 5 de abril de 1818, que pusieron fin al dominio español en la región trasandina. Participó también de la expedición de San Martín al Perú, y en las batallas de Cangallo, Jauja y Pasco. Su actividad en la campaña del Pacífico continuó a las órdenes de Bolívar, habiendo participado en las batallas de Río Bamba y Pichincha.

Vuelto al Río de la Plata, ya con el grado de Coronel se unió al ejército republicano de las Provincias Unidas, compuesto de militares argentinos y orientales bajo el mando del Gral. Alvear, que combatió en la campaña de Río Grande do Sul contra el Imperio de Brasil poniendo fin a la dominación brasileña, entre 1826 y 1828; con lo que participó en las decisivas batallas de Bacacay el 23 de enero de 1827, y de Ituzaingó el 20 de febrero de 1827, que le valió ser ascendido a General.

Incorporado a las filas del partido unitario, Lavalle encabezó en 1828 un alzamiento contra el Gobernador de Buenos Aires su antiguo camarada de armas Manuel Dorrego; el cual fuera ejecutado luego de ser derrotado en la batalla de Navarro. Enemistado políticamente por tal motivo con Juan Manuel de Rosas, íntimo amigo y socio de Dorrego, debió emigrar al Uruguay cuando Rosas asumió la Gobernación de Buenos Aires. En Montevideo, entre 1830 y 1831, se unió a los opositores que promovieron la sublevación de la provincia de Entre Ríos encabezada por el Gral. Urquiza. Cuando el Gral. Oribe sucedió a Rivera en la Presidencia de la República y éste se sublevó contra su Gobierno, Lavalle se unió a los sublevados, y combatió en la batalla de Palmar, que determinó que Oribe renunciara a su cargo y se trasladara a Buenos Aires.

Persistiendo en su oposición al gobierno de Rosas en Buenos Aires, Lavalle encabezó en 1839 un contigente expedicionario que desde Montevideo ingresó a territorio argentino para unirse a otras fuerzas antirrosistas en la Provincia de Buenos Aires. Pero fueron enfrentados por los llamados “federales” de Rosas, lo que los obligó a replegarse hacia el norte, hacia las provincias de la antirrosista Coalición del Norte, que comprendía a Tucumán , Salta, La Rioja, Catamarca y Jujuy. En Tucumán las fuerzas del ejército “unitario” se enfrentaron con los rosistas en las costas del río Famaillá siendo derrotadas. Lavalle logró batirse en retirada, pero fue localizado por una patrulla rosista, que le dió muerte en 1841.