Se unió prontamente a la revolución del Río de la Plata, incorporándose al grupo revolucionario liderado por Manuel Francisco Artigas, en oportunidad de la ocupación de Minas, San Carlos y Maldonado. Participó en la Batalla de Las Piedras, donde obtuvo el grado de Teniente. También participó en el primero y en el segundo sitio de Montevideo; y acompañó a Artigas en el éxodo del pueblo oriental.

Habiendo combatido en la batalla de Guayabos, fue designado por Artigas en calidad de comandante militar de la ciudad puerto de Colonia, con la misión primordial de organizar los corsarios que operarían en el Río de la Plata contra las naves portuguesas.

En 1817 contrajo matrimonio con Ana Monterroso, quien era hermana del secretario personal de Artigas José Monterroso, haciéndolo “por poder”, a su nombre, Fructuoso Rivera, que en ese momento era su jefe de División.

Cuando en 1818 las fuerzas portuguesas penetraron en el territorio de la Banda Oriental, Artigas encargó a Lavalleja el mando de las fuerzas que se dirigieron a enfrentarlas. En un combate que tuvo lugar en las puntas del arroyo Valentín, en el Depto. de Salto, fué hecho prisionero por los portugueses, y confinado en la Isla de las Cobras, en Río de Janeiro, de donde pudo volver a Montevideo en 1821.

Vuelto a la entonces Provincia Cisplatina, se afincó en la zona denominada “Rincón de Zamora”, actual Depto. de Tacuarembó, dedicándose a las actividades ganaderiles. Al producirse en 1823 el movimiento llamado de “Los caballeros orientales” se unió nuevamente a la causa revolucionaria; por lo que se trasladó en primera instancia a las provincias argentinas de Entre Ríos y Santa Fé, posteriormente a Buenos Aires, en busca de apoyo para iniciar una acción revolucionaria en la Banda Oriental.

Fracasado el intento de 1823, Lavalleja se asiló en Buenos Aires. En 1824, decidido a llevar adelante los planes revolucionarios, alquiló los galpones de un saladero en la zona de Barracas, donde se dedicó a prepararse para invadir la Banda Oriental. Se reunió así un grupo de 33 hombres, que eludiendo la vigilancia de los brasileños, navegaron en una chalupa por el Río Uruguay en dirección al Depto. de Soriano.

En la madrugada del 19 de abril de 1825, el grupo de los Treinta y Tres Orientales que comandaba Lavalleja, desembarcó en la playa de la Agraciada. Portando una bandera de tres franjas horizontales, azul, blanca y roja, con la leyenda “Libertad o muerte”; los Treinta y Tres juraron ante ella “Libertar a la Patria, o perecer en la demanda”.

Constituído el Gobierno Provisorio de la Banda Oriental, el 14 de junio Lavalleja fue designado Brigadier General y Comandante en Jefe del Ejército de la Provincia Oriental; lo cual fue ratificado el 22 de agosto por la Sala de Representantes de la provincia.

Luego de la reconciliación con Rivera, en el célebre “Abrazo del Monzón”, y del triunfo obtenido con éste contra las fuerzas brasileñas en la batalla de Rincón, ambos jefes unieron sus fuerzas para enfrentar al contingente reunido por los imperiales, en la batalla de Sarandí; que produjo el restablecimiento del apoyo del gobierno porteño a los revolucionarios de la Banda Oriental.

El 20 de febrero de 1827, comandó Lavalleja el ejército que derrotara a los brasileños en la batalla de Ituzaingó.

Nuevamente distanciado de Rivera, emprendió éste la conquista de las Misiones; lo que precipitó el tratado de paz con el Imperio del Brasil, que dió nacimiento a la Repóblica Oriental del Uruguay. Se instaló así la Convención Nacional Constituyente, que elaboró la primer Constitución del nuevo Estado.

Jurada la Constitución el 18 de julio de 1830, aspiró Lavalleja a ser elegido como Presidente; pero fue derrotado por Rivera en la votación efectuada en la Asamblea General Legislativa, en la cual obtuvo 27 votos contra 5 de Lavalleja.

Lavalleja consideró que su derrota constituía un injusto desconocimiento de sus méritos para la obtención de la Independencia. Al mismo tiempo, su intensa rivalidad con Rivera - a quien consideraba muy inferior él méritos para ser Presidente - lo determinó a iniciar una serie de intentos de sublevación contra el Gobierno de Rivera.

Sin embargo, tuvo en consideración la conveniencia de preservar el orden institucional emergente de la Constitución; teniendo en cuenta, además, que conforme a la Convención Preliminar de Paz, las potencias vecinas podrían intervenir en caso de que el mismo fuera atacado. Por lo tanto, dejó en claro que su objetivo no era derrocar al Presidente Rivera, sino conservar su autoridad en el Ejército.

En 1831 Rivera había destituído como Jefe del Estado Mayor al Cnel. Eugenio Garzón, hombre de confianza de Lavalleja; con el cual organizó una sublevación en junio de 1832; cuando el mayor Juan Santana intentó aprehender a Rivera en Durazno, lo que éste evitó cruzando a nado el río Yí. Un grupo de dirigentes afines a Lavalleja, encabezado por Garzón - entre ellos Silvestre Blanco, Miguel Barreiro y Pablo Zufriategui - hicieron saber a la Asamblea General que sólo obedecerían las órdenes de Lavalleja; pero éste no contó con el apoyo de los hermanos Manuel e Ignacio Oribe, los que iniciaron una mediación dirigida a preservar el orden institucional. Los negociadores del Gobierno y de Lavalleja firmaron un acuerdo por el cual se reconocía a Rivera como Presidente y se otorgaba a Lavalleja el mando militar; pero ese acuerdo no fue aceptado por Rivera. En definitiva, falto del apoyo de Oribe y con la oposición de dirigentes argentinos del partido unitario dirigidos por el Gral. Juan Lavalle - que ya actuaban en el Uruguay a causa de su oposición al Gobernados de Buenos Aires, Juan Manuel de Rosas, con quien Lavalleja tenía afinidades políticas - la sublevación quedó definitivamente derrotada, y Lavalleja debió refugiarse en el Brasil.

Sin embargo, Lavalleja no cejó en sus propósitos de resistir por las armas la autoridad constitucional de Rivera. Obtuvo el apoyo del caudillo brasileño Bentos Gonçálvez - quien acariciaba el proyecto de reunir el Estado de Río Grande del Sur con la Banda Oriental en una “República de Piratiní” - así como de caudillos argentinos de la zona de Entre Ríos y del Gobernador de Buenos Aires, Juan Manuel de Rosas.

El 6 de abril de 1833 el Cnel. Garzón con el apoyo del Cnel. argentino Manuel de Olazábal, invadieron desde Brasil y llegaron a ocupar brevemente la ciudad de Melo; aunque debieron retirarse ante la proximidad de tropas del Gobierno de Rivera. En marzo de 1834, Lavalleja volvió a invadir, esta vez desde Entre Ríos, desembarcando con un centenar de tropas en la zona de Nueva Palmira y proclamando la destitución de Rivera; pero perseguidos por tropas gubernistas hacia el norte, fueron derrotados y Lavalleja debió refugiarse nuevamente en Río Grande del Sur. Desde allí intentó una nueva invasión por Livramento, en setiembre de 1834, pero nuevamente debió retirarse al Brasil.

Rivera fue sucedido en la Presidencia por Manuel Oribe, quien había sido hombre de confianza de Lavalleja en las luchas de la independencia; aunque no lo había apoyado en sus últimos intentos de sublevación. Habiéndose alzado Rivera contra su gobierno, Oribe convocó a Lavalleja a reintegrarse al país, y le restituyó sus grados militares y bienes, que le habían sido confiscados por el gobierno de Rivera. El 19 de noviembre de 1836 tuvo lugar el combate de Carpintería, en el cual Lavalleja participó junto a las fuerzas del gobierno comandadas por Ignacio Oribe, y donde fuera derrotado el ejército de Rivera. En ese combate, las tropas de Rivera utilizaron vinchas de color rojo - hechas con el forro de los ponchos - y las de Oribe las usaron de color blanco; lo que originó las “divisas” que tradicionalmente distiguieron en adelante a los dos partidos que pautaron la vida política del país.

En 1837, luego de haber participado también en el combate del Durazno, cuando Lavalleja estaba al mando de la plaza de Paysandú, y ante la renuncia de Oribe decidió abandonar el país y retornó a la Argentina. Allí participó de las luchas civiles encabezadas por Echagüe, con quien organizó en 1839 un llamado Ejército Unido Libertador, que invadiera el Uruguay siendo derrotado por Rivera en la batalla de Cagancha. Retornado a la provincia de Entre Ríos, intervino Lavalleja en las luchas organizadas contra el gobierno porteño, enfrentando al ejército comandado por el Gral. Juan Lavalle - que había sido su oponente a la sublevación de 1832 - en el combate de Don Cristóbal.

En 1843, Lavalleja regresó al Uruguay, radicándose en Colonia.

Establecido en 1845 el “sitio grande“ de Montevideo, desde el campamento de Oribe en el Cerrito, Lavalleja retornó a la zona y se estableció en una chacra en el arroyo Miguelete; aunque al mismo tiempo mantuvo su casa en la ciudad de Montevideo (actualmente un museo, sito en la esquina de las calles Zabala y Rincón) donde residía su esposa.

En 1851, terminada la Guerra Grande, Lavalleja fue designado Comandante General militar de la zona actualmente comprendida por los Deptos. de Cerro Largo, Lavalleja y Maldonado. En 1852 pasó a comandar la Segunda Sección territorial, bajo el gobierno del Presidente Giró.

A raíz de los sucesos políticos de 1853, que culminaron en la designación de un Triunvirato en sustitución del Presidente de la República, Lavalleja fue designado para integrarlo, conjuntamente con Rivera y el Cnel. Venancio Flores.

Cumplía funciones como integrante del Triunvirato, en su despacho del Fuerte de Montevideo - ubicado en la misma plaza del Cabildo - cuando falleció repentinamente, el 22 de octubre de 1853.

Una Ley del 27 de diciembre de 1927 asignó el nombre de Lavalleja al Departamento de Minas, en cuya capital había nacido.