Fue designado por la corona española como Gobernador del área colonial Río de la Plata; habiendo sido el primer nativo de América que fue designado para ese cargo, que ocupó por tres períodos, entre 1597 y 1599, entre 1602 y 1609, y entre 1615 y 1618.

Hernandarias se dedicó en forma intensa a explorar los territorios comprendidos en su jurisdicción, en particular las planicies situadas al sur del Paraguay, en la mesopotamia de los ríos Paraná y Uruguay. Entre 1607 y 1608, habiendo cruzado el río Uruguay al frente de una expedición compuesta de un centenar de personas, recorrió la costa de ese río hasta llegar al Río de la Plata, y bordeando las costas de este último alcanzó, el 13 de diciembre de 1607, la desembocadura del río que llamó de Santa Lucía, nombre con que se le designa actualmente.

Luego de recorrer el territorio actual del Uruguay durante unos seis meses, se dirigió a Buenos Aires, desde donde comunicó al Rey de España las observaciones que efectuara; describiendo las tierras al este del río Uruguay como muy buenas, y recomendando que fueran pobladas con ganados con lo que, consideraba, en pocos años prosperarían abundantemente.

Siguiendo la recomendación que remitiera al Rey, pocos años después Hernandarias volvió a viajar a la “Banda oriental” transportando una importante tropa de ganado vacuno, que liberó en su territorio, con lo cual se dió origen a lo que constituyó una gran riqueza ganadera; cuya explotación fue una de las razones determinantes de los importantes procesos históricos que culminaron en la efectiva colonización del territorio uruguayo, que había quedado despoblado por parte de los españoles.

La abundancia del ganado vacuno, que se reprodujo ampliamente debido a las condiciones favorables de las pasturas del territorio, atrajo por el norte las incursiones de los portugueses desde el Brasil, así como el establecimiento furtivo de campamentos de faeneros, dedicadas a obtener el cuero, que era inicialmente el único producto aprovechado de ese ganado. También determinó que los portugueses fundaran posteriormente la Colonia del Sacramento, y que el gobierno español decidiera fundar Montevideo.